Em 2001, durante o I Congresso Brasileiro de Mastozoologia realizado em Porto Alegre, Rio Grande do Sul, ficou decidido que seriam empregados esforços para a realização de encontros próprios para reunir pesquisadores e outros interessados no estudo de morcegos. Assim, foi realizado em 2002, também em Porto Alegre, na Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul (PUC-RS), o IV EBEQ, que contou com 120 inscritos.

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No dia 7 de outubro de 2006, em Gramado, RS, durante o I Congresso Sul-Americano de Mastozoologia, 50 participantes (a maioria pesquisadores) assinaram a Ata de Criação da Sociedade Brasileira para o Estudo de Quirópteros (SBEQ). Desde então ficou decidido que a SBEQ passaria a organizar os EBEQs, assim como outros eventos de menor porte.



O número de pesquisadores e estudantes interessados nas diferentes vertentes do estudo de morcegos inquestionavelmente vem crescendo em ritmo acelerado nas últimas décadas no Brasil, fato confirmado pela enorme discrepância nas comunicações em eventos mais amplos como os Congressos Brasileiros de Mastozoologia e de Zoologia. A título de exemplo, na edição de 2008 do Congresso Brasileiro de Mastozoologia, dos 536 resumos apresentados, 124 eram sobre morcegos, o que corresponde a 23% do total, enquanto outros grupos como marsupiais, roedores e primatas, congregaram, respectivamente, 6% (37), 13% (73) e 5% (30) do total de resumos.​ Assim, como resposta a esse rítmo acelerado de crescimento, a SBEQ tem tentado transformar os EBEQs em fóruns regulares de discussão que atendam a todos os interessados nas diversas vertentes do estudo dos morcegos, dentre eles, pesquisadores, técnicos de nível superior e médio e alunos de graduação e pós-graduação. Esse esforço da Sociedade se materializou em duas edições consecutivas (5º e 6º EBEQs), realizadas em 2010 em Búzios (RJ) e 2011 em Maringá (PR), ambos contando com cerca de 100 participantes.

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Além dos EBEQs, em 2008 a Sociedade organizou dois simpósios sobre morcegos, um durante o Congresso Brasileiro de Zoologia, realizado em Curitiba (PR), e outro durante o Congresso Brasileiro de Mastozoologia, realizado em São Lourenço (MG). Em 2010, a Sociedade organizou outro simpósio no Congresso Brasileiro de Zoologia realizado em Belém (PA). Mais recentemente, a Sociedade patrocinou o Simpósio sobre Ecologia e Evolução de Morcegos, realizado na 49ª edição do Annual Meeting of the Association for Tropical Biology and Conservation, realizado em Bonito (MS). ​A sétima edição do EBEQ, realizada em 2013 em Brasília (DF), serviu para congregar pesquisadores e estudantes de todo o Brasil e de outros países da América Latina, possiblitando um maior intercâmbio de idéias e projetos, o que, sem dúvida, é o caminho para uma ciência de alta qualidade. A oitava edição do EBEQ foi realizada em 2015, na cidade de Ouro Preto (MG), e contou com mais de 300 inscritos. O IX EBEQ foi realizado de 17 a 21 de setembro de 2017 na cidade de Pirenópolis em Goiás. O Encontro ocorreu concomitantemente ao IX Congresso Brasileiro de Mastozoologia e contou vários palestrantes do Brasil e do exterior.